Hallo Tobi,
ganz schön viel Text von Dir
, aber meine Antwort fällt zunächst viel kürzer aus:
ich möchte nur, dass POIBase Navi dasselbe macht wie das (vernachlässigte) POIBase Pro, nämlich Warnen in jeder Situation, ohne je inaktiv zu werden!
POIBase PRO hat jederzeit gewarnt - egal ob ich über AndroidAuto die Google-Navigation (und sogar gleichzeitig eine Musik-App) benutzt habe: sobald eine Warnung anstand, wurde die Musik runtergedreht und die Blitzerwarnung aus den Autolautsprechern wiedergegeben. POIBase PRO hat sich nicht eigenständig via BT mit dem Auto gekoppelt (das geht schon aus dem Grunde nicht, da sich AAWireless via BT mit dem Auto verbindet). Die Auswahl dieser Art Verbindung bietet Deine App ja auch an, via Android Auto zu verbinden. POIBase PRO hat in allen Situationen zuverlässig gewarnt - völlig unabhängig davon, welche Apps über AA (Android Auto) gerade auf dem Autodisplay aktiv waren.
Der einzige Grund, warum ich POIBase Pro nicht mehr verwende, ist, dass seit einiger Zeit der Startagent nicht mehr funktionierte (trotz mehrfacher Neuinstallation). Aber als der Autostart noch funktionierte, war POIBase PRO jederzeit aktiv - ich konnte via AA (wie schon gesagt) mehrere Apps parallel betreiben (Google Navigation, Music Player, WhatsApp, Google Auskünfte abfragen), und die Blitzermeldungen kamen jederzeit absolut zuverlässig!
Wenn Du nun schreibst, dass beim Wechsel einer App (z.B. von POIBase Navi zu Google Maps) Deine Navi-App sich beendet, dann ist das wohl falsch (bzw anders als bei PRO) programmiert.
Zu Deinem Punkt 1: ich starte selber gar nichts 
In meinem Auto hängt am USB-Anschluß ein Teil namens AAWireless, das sich mit dem Auto verbindet.
Sobald ich ins Auto steige und die Zündung einschalte, wird Android Auto gestartet und verbindet sich mit AAWireless. Und mir stehen alle Apps zur Verfügung, die ich im Launcher definieren durfte:

POIBase PRO (das hier auch eingetragen war) wurde sofort nach Fahrterkennung aktiv und tat zuverlässig seinen Dienst. Egal, was sonst so via AA aktiv war.
Deine Idee, den Start von POIBase Navi per BT zu initiieren funktioniert natürlich in meiner Umgebung nicht, denn dann würden alle anderen Apps sich nicht mehr verbinden können.
Ich denke, Du bist vielleicht noch nicht tief genug im Thema AndroidAuto drin (das ist kein Vorwurf und auch keine Behauptung, sondern lediglich ein Verdacht). Denn: meine Music-Apps (egal welche, die ich via AA benutze) lassen sich auch jederzeit unterbrechungsfrei betreiben, während Google Maps oder POIBase Navi aktiv oder sonst was auch immer aktiv ist, und Google Maps arbeitet sogar als Navigationssystem unterbrechungsfrei, wenn ich nach dem Routenstart auf Deine App POIBase Navi als Vordergrund-App wechsel! Dann höre ich zwar nur die Navigationsansagen von Google und sehe die Karte von POIBase Navi, aber Google stellt sich niemals auf inaktiv.
Und genau das sollte Deine App auch nicht tun
Und sie ist aktuell die einzige, die das tut.
Übrigens danke, dass jetzt das optische Ausblenden der ""Gefahrenstellen" gut funktioniert 
PS: die kostenlose POIbase Radarwarner App hatte ich bereits vor längerer Zeit deinstalliert.