Wohin lässt Du die berechneten Kartendaten schreiben? Direkt auf die im Cardreader eingesteckte und als Laufwerk gemountete Speicherkarte oder zunächst auf Festplatte?
Du solltest auf jeden Falle erst mal auf die Festplatte schreiben lassen, da viele Flash-Speicherkarten eine vergleichsweise schlechte Schreibperformance haben (insbesondere wenn die Daten in kleinen "Häppchen" angeliefert werden) und sich damit die Zeit zum Exportieren um ein Vielfaches erhöht.
Manche User berichteten hier auch, dass Mapexport bei ihnen nur korrekt funktionierte, wenn sie auf ein FAT (also nicht NTFS) formatiertes Laufwerk haben schreiben lassen. Dies ist jedoch nicht als allgemein gültige Regel zu verstehen.
EDIT: Was ist eigentlich an diesem Thread so lesenswert, dass er eine Bewertung von 5 Sternen bekommen hat?