So, habe mich mal selbst ran getraut.
Ergebnis: 1x positiv, 1x negativ 
+ Desktop ist frei, auch auf Dauer, wenn man will
- der Navigonsound lässt sich nicht killen, umbenennen oder sowas
Genauer:
Benötigt wird eine entpackte Version des Totalcommanders (TC) für WinCE und eine USB-Verbindung Navi<->PC, sonst nix.
Navi an PC anschließen und dann kann man auf dem Gerät die Verzeichnisse sehen, ins Root (eigentlich My Flash Disk) kopiert man den TC und benennt ihn um in autorunce.tc :
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Soweit bleibt alles beim alten und Navigon startet wenn man das USB-Kabel abzieht. Benennt man aber die originale autorunce.exe in autorunce.navi (Beispiel) um und die autorunce.tc in autorunce.exe , dann startet nach abziehen des USB-Kabels oder Reset der TC und man kann auf dem Gerät durch die Verzeichnisse switchen:
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Im Ordner \Windows\ ist dann der nervtötende Sound navigonLOGO_neu.wav
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Leider ist die Datei aber mit dem Attribut "nur lesen" im ROM abgelegt, das heißt auf gut deutsch Änderungen sind so eben ganz einfach nicht möglich. Es klappt kein löschen oder verschieben, umbenennen geht ja mangels Tastatur nicht:
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Gestartet wird dieser Krimskram mit dem nerventem Ton übrigens von der DianaMainMenu.exe, aber diese obliegt den selbigen Beschränkungen 
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Das heißt, man hat jetzt zwar den Desktop frei, die Files aber im ROM schreibgeschützt liegen ist da kein rankommen, jedenfalls nicht für mich. Eventl. hat wer eine andere Idee?
Den Desktop kann man, wenn man will auch free lassen, zum Navigon um zu navigieren kommt man übder den Pfad \My Flash Disk\NAVIGON\
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Jetzt fehlt nur noch eine Idee wie man an den Ton zum löschen oder austauschen auf Dauer gegen einen stillen Ton kommt. Temporäres tauschen gegen einen stillen Ton geht, hält aber nur bis zum nächsten aus/einschalten oder Reset.
Gruß Micha
Anhang: autorunce.tc (eigentlich totalcommander.exe) und der originale Sound als Archiv