Bei der menu.exe ist er noch auf der FlashDisk. Nimm mal die SD-Karte raus und mach 'nen SoftReset. Wenn keine Fehlermeldung kommt, greift er noch nicht auf die SD-Karte zu (Autostart!). Wenn doch, dann könnte immer noch die Karte beschädigt sein.
Mach mal mit dem CR am M5 (der scheint mir recht aktuell zu sein (< 6 Mon.), oder? Den anderen würde ich nicht unbedingt vertrauen) einen Test mit mind 2 Dateien, zusammen > 600 MB. Verschieb diese dann wieder zurück auf den PC und kontrolliere bytegenau deren Größe. Wenn diese stimmt, sollte der CR i.O. sein. Aber vielleicht gibt's auch 'nen Patch für den M5-Reader?
Wenn bis hierher alles OK ist und Du bereits mehrmals die FlashDisk neu formatiert hast, liegt der Fehler woanders und ich bin mit meinem Latein auch am Ende. Vielleicht hat dann noch jemand anders einen Tipp parat.