Im Prinzip ist das möglich, es ist aber mit Bastelarbeit verbunden! 
Das Problem ist, das Setup legt die SW auf der Flash Disk (FD) ab, primär im Unterordner 'navigation', aber auch noch in weiteren Ordnern auf der 1. Ebene (auf die man aber nach Anpassung wohl unter beiden Versionen wird zugreifen können, sofern überhaupt nötig).
Vielleicht reicht es jetzt aus, nach dem Setup den Ordner 'navigation' z.B. in 'navigation_23' umzubenennen und den Aufruf entspr. in (\My Flash Disk\navigation_23\mnavdce.exe) anzupassen, mußt es mal testen. Den anderen Ordner (Deiner Hauptversion) kannst Du dann nach dem Setup so belassen, wie er ist. So läßt sich dann auch ein sep. Menueaufruf eintragen.
Wenn das nicht funzen sollte, muß man einen Ordner zum Hauptordner machen. Wenn Du vorher weißt, mit welcher Version Du navigieren willst und dann auch einen PC zur Hand hast, kann man den Ordner 'navigation' in 'navigation_23' umbenennen und den anderen in 'navigation', dann sollte es auch funktionieren. Je nach Deinen Kenntnissen kann man dies sogar per MortScript (eine Batchsprache) automatisiert vor jeden Aufruf erledigen lassen. Aber das ist nicht ganz trivial.
Vor dem Setup der 2. Version ist auf jeden Fall die FD zu sichern, weil diese dabei formatiert wird. Ein Zurückspielen erstmal in einen anderen Zweig ist dann der 1. Schritt.
Ein Teil der Maps kannst Du auch auf der FD ablegen, aber durch Deine 2 Installationen wird's dort sehr eng werden. Eine 2 oder 4 MB Karte ist bei der Vorgehensweise dringend anzuraten. 