Ich hatte ein ähnliches Problem mit meinem PDA, für den ich mir eine kleine Aktivbox mit externer Stromversorgung gebaut habe. Da hat unter Laborbedingungen (getrennte Netzteile für PDA und Lautsprecher) erst alles super funktioniert. Sobald aber später das Line-Out-Kabel und die gemeinsame Stromversorgung von PDA und Lautsprecher gleichzeitig angeschlossen wurden, gabs heftigste Störgeräusche. Ich habe auch sehr lange rumgetüftelt, um das zu beheben. Am Ende mußte ich einerseits einen NF-Übertrager (ist im Prinzip ein kleiner Trenntrafo) in die Line-Out-Leitung einschleifen und zusätzlich eine sehr fette Entstördrossel in die Stromzuleitung einsetzen. Nur diese beiden Maßnahmen zusammen haben das Geräusch so weit gedämpft, daß man es nur noch als leises Sirren wahrnimmt. Das Problem an der Sache ist, daß man die Windungszahl der Drossel genau abstimmen muß, um exakt das Störspektrum zu treffen. Mit den handelsüblichen Drosseln mit ein paar Windungen ist da absolut nichts zu machen. Meine selber gewickelte Drossel sieht schon eher wie ein Ringkerntrafo aus 
Der Tonqualität sind solche Maßnahmen allerdings nicht gerade zuträglich. Der Ton kann dadurch etwas blechern werden.
Ursache des Problems sind offenbar Potentialunterschiede zwischen dem Audioteil und der Spannungsversorgung. Bei meinem PDA habe ich da über 1 Volt Unterschied gemessen.