Ich habe eine andere Möglichkeit entdeckt, wie man Dateien (z.B. Usersettings.xml, etc.) im geschützten Speicherbereich "\MN Settings" ändern kann. 
Während des Neustarts (Softreset) wird als erstes das Programm autorunce.exe mit der dazugehörigen autorunce.mscr ausgeführt (Interner Speicher im Root directory).
In der autorunce.mscr wird ziemlich am Anfang nachgesehen, ob ein Verzeichnis "\My Flash Disk\MN Settings\restore" exisiert. Wenn ja, werden alle Dateien in diesen Verzeichnis in den geschützten Bereich "\MN Settings" kopiert.
Erst ganz am Ende wird die eigentliche Usershell (Navigation) gestartet.
Diese Variante wird scheinbar auch von Navigon Fresh verwendet.
Wichtig:
Man muss noch wissen, dass "\My Flash Disk" das Hauptverzeichnis des internen Speichers darstellt und einfach für die weitere Vorgehensweise durch den Laufwerksbuchstaben zu ersetzen ist. Bei mir ist das Laufwerk G: und Laufwerk H: ist die SD Card.
Auszug autorunce.mscr
....
If ( DirExists("\My Flash Disk\MN Settings\restore") )
##SleepMessage(3, "using folder restore")
# explizit restore folder available (e.g. by fresh)
XCopy("\My Flash Disk\MN Settings\restore\*.*", "\MN Settings", TRUE, TRUE)
DelTree("\My Flash Disk\MN Settings\restore")
Delete("\My Flash Disk\MN Settings\restore")
....
##SleepMessage(3, "saving backup")
# otherwise create a copy of mn settings
MkDir("\My Flash Disk\MN Settings")
MkDir("\My Flash Disk\MN Settings\backup")
XCopy("\MN Settings\*.xml", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.old", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.route", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.resy", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.dat", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.store", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\*.ctx", "\My Flash Disk\MN Settings\backup", TRUE)
XCopy("\MN Settings\Routes\*.*", "\My Flash Disk\MN Settings\backup\Routes", TRUE, TRUE)
XCopy("\MN Settings\BT\*.*", "\My Flash Disk\MN Settings\backup\BT", TRUE, TRUE)
XCopy("\MN Settings\BT_A\*.*", "\My Flash Disk\MN Settings\backup\BT_A", TRUE, TRUE)
XCopy("\MN Settings\Logs\*.*", "\My Flash Disk\MN Settings\backup\Logs", TRUE, TRUE)
....
# start user shell and quit
Run("\My Flash Disk\UserShell\UserShell.exe")
Meine Vorgehensweise, wenn ich z.B die Usersettings.xml ändern mächte:
1) kompletter Neustart, damit die aktuellen Dateien nach "\My Flash Disk\MN Settings\backup" kopiert werden und somit unter Laufwerk G im Verzeichnis \MN Settings\backup zur Verfügung stehen.
2) anlegen von G:\MN Settings\restore"
3) Kopieren von G:\MN Settings\backup\Usersettings.xml nach G:\MN Settings\restore
4) Ändern der Datei G:\MN Settings\restore\Usersettings.xml
5) kompletten Neustart, damit die Dateien aus G:\MN Settings\restore in den geschützten Bereich übernommen werden.
Ich habe bei meinen bisherigen Experimenten alles noch mit dieser Variante durchgeführt und brauche somit auch keine Pfade in der "ApplicationSettingsPathes.xml" umbiegen. 
Ich hoffe, dass ich euch allen damit ein bisschen helfen kann. 